Trouver une pépinière en Bourgogne-Franche-Comté adaptée à son projet de jardin, c’est souvent une question de spécialité autant que de proximité. Ce classement 2026 retient dix établissements selon leur ancrage régional, la cohérence de leur gamme et leur capacité à répondre à des besoins précis : plantes vivaces, arbres fruitiers, végétaux aquatiques ou production orientée forêt comestible. Voici les critères retenus : spécialité clairement identifiée, localisation en Bourgogne-Franche-Comté, établissement vérifiable.
1. Le Jardin Mellifère (Montagny-lès-Seurre)
Situé à Montagny-lès-Seurre, Le Jardin Mellifère se concentre sur les plantes vivaces et arbustes. Cette orientation convient aux jardiniers qui cherchent à structurer un massif pérenne ou à attirer pollinisateurs et auxiliaires du jardin. La gamme vivaces permet de composer des plantations sur plusieurs saisons sans tout replanter chaque année.
Pour un projet de haie champêtre ou de jardin naturalisé en Côte-d’Or, cet établissement représente une adresse cohérente à explorer en priorité.
2. Les Pépinières du Lutin (Dornes)
Les Pépinières du Lutin, à Dornes, couvrent la pépinière et la production végétale dans un sens large. Ce type de structure, qui produit elle-même ses végétaux, offre en général une meilleure traçabilité sur l’origine des plants et une disponibilité plus stable selon les saisons.
Les amateurs de jardin qui souhaitent planter arbustes ou sujets de haie dans la partie nièvraise de la région y trouveront une offre de production locale.
3. Pépinières de Marnay (Marnay)
Implantée à Marnay en Haute-Saône, cette pépinière horticole s’adresse à ceux qui recherchent un professionnel de la production végétale dans le secteur comtois. La qualification horticole implique une maîtrise des cycles de culture et une offre structurée, utile aussi bien aux particuliers qu’aux professionnels du paysage.
Pour des projets d’aménagement en Haute-Saône, Pépinières de Marnay constitue un interlocuteur de proximité à considérer.

4. Pépinière aquatique Acorus (Autoreille)
La Pépinière aquatique Acorus, à Autoreille, se distingue par sa spécialisation exclusive dans les plantes aquatiques. Cette orientation pointue en fait l’adresse de référence pour quiconque aménage un bassin, une mare naturelle ou une zone humide en Bourgogne-Franche-Comté.
Roseaux, nénuphars, plantes de berge : ce type d’établissement spécialisé propose généralement une profondeur de gamme introuvable dans une pépinière généraliste. À retenir pour tout projet autour de l’eau.
5. Pépinières Gey (Tavernay)
Pépinières Gey est situé à Tavernay, en Saône-et-Loire. L’établissement exerce dans la pépinière et la production végétale, ce qui le place dans la catégorie des producteurs capables de fournir des végétaux issus de leur propre culture.
Pour les jardiniers du nord de la Saône-et-Loire ou du Morvan qui préfèrent s’approvisionner localement plutôt qu’en grande surface spécialisée, Pépinières Gey offre une alternative de proximité.
6. Le Temps des Fleurs (Marcigny)
À Marcigny, en limite sud de la Saône-et-Loire, Le Temps des Fleurs combine horticulture et pépinière. Cette double activité signifie qu’on peut y trouver aussi bien des végétaux de jardin prêts à planter que des plants issus de production horticole.
Horticulture et pépinière réunies sur un seul site : c’est un avantage concret pour les jardiniers qui veulent compléter une commande de vivaces avec des annuelles ou des fleurs de saison sans multiplier les déplacements.
7. Pépinières Hortulus (Saint-Christophe-en-Bresse)
Pépinières Hortulus, à Saint-Christophe-en-Bresse, est une pépinière horticole qui couvre le secteur bressan, une zone souvent moins bien desservie en offre spécialisée. La qualification horticole de l’établissement garantit un suivi de production sérieux.
Pour les projets de plantation en Bresse bourguignonne, cet établissement évite les longs trajets vers les grandes agglomérations de la région.
8. Pépinière la forêt comestible (Fontenay)
Basée à Fontenay, la Pépinière la forêt comestible se distingue par une orientation radicalement différente des autres établissements de ce classement : elle produit des plantes pour forêt comestible. Ce concept regroupe arbres fruitiers, arbustes à petits fruits, plantes vivaces alimentaires et essences à usage multiple, pensés pour fonctionner ensemble à la manière d’un écosystème.
C’est l’adresse à privilégier pour concevoir un jardin-forêt, un verger en permaculture ou diversifier une parcelle avec des espèces à double vocation ornementale et nourricière. La gamme proposée répond aussi à la demande croissante pour des fruitiers adaptés aux étés plus chauds.
9. La Pépinière Aquatique (Volgré)
La Pépinière Aquatique, à Volgré dans l’Yonne, partage avec Acorus une spécialisation dans les plantes aquatiques. Cette concentration de l’offre sur un segment précis permet aux clients de bénéficier d’une expertise et d’une diversité de gamme que seules les structures dédiées peuvent offrir.
Pour les projets de mares, de bassins ou de jardins humides dans le nord de la région, La Pépinière Aquatique représente une option à part entière, complémentaire d’Acorus selon la localisation du projet.
10. La Ferme du Moineau, pépinière d’arbres fruitiers bio (Remilly)
La Ferme du Moineau, à Remilly, occupe une place à part dans ce classement. Spécialisée en arbres fruitiers bio, variétés anciennes et locales, elle s’adresse directement aux jardiniers qui veulent planter des vergers avec une traçabilité claire et des variétés adaptées au territoire.
- Les variétés anciennes et locales présentent souvent une meilleure résilience face aux aléas climatiques que les variétés standardisées issues des circuits de grande distribution horticole.
- Le mode de production biologique garantit l’absence de traitements phytosanitaires de synthèse sur les plants, un critère de plus en plus recherché pour les vergers familiaux.
- L’orientation vers des arbres fruitiers correspond à la demande en hausse pour des amandiers, abricotiers et autres espèces fruitières mieux tolérantes aux étés secs.
Pour planter un verger en Bourgogne-Franche-Comté avec des sujets locaux et une conduite biologique, La Ferme du Moineau est l’établissement le plus ciblé de cette liste.
Ce top 10 couvre des spécialités très différentes : plantes aquatiques, vivaces, production horticole, arbres fruitiers bio et forêt comestible. Avant de vous déplacer, précisez votre besoin – le volume de plants, la période de plantation et le type de végétal recherché – pour choisir la pépinière en Bourgogne-Franche-Comté qui correspond réellement à votre projet.

